La solución de onda viajera fraccional de importantes ecuaciones de Whitham-Broer-Kaup fue investigada utilizando el método de transformación de análisis de q-homotopía y el método de descomposición natural. La definición de Caputo de derivadas fraccionarias se utiliza para describir el operador fraccional. Los resultados obtenidos, utilizando los métodos sugeridos, se comparan entre sí, así como con los resultados exactos de los problemas. La comparación muestra el mejor acuerdo de soluciones entre sí y con la solución exacta también. Además, se encontró que los métodos propuestos son precisos, efectivos y directos al tratar con el sistema de ecuaciones diferenciales parciales de orden fraccional y, por lo tanto, se pueden generalizar a otros problemas complejos de orden fraccional de ingeniería y ciencia.