Los bosques tropicales son increíblemente diversos en estructura y función. A pesar de esta diversidad, o quizás debido a ella, los biólogos tropicales a menudo realizan investigaciones exclusivamente en uno o quizás unos pocos tipos de bosques. Rara vez estudiamos el ecotono, la región intersticial entre tipos de bosques. Los ecotonos son sistemas hiperdinámicos y diversos que controlan el flujo de energía y organismos entre ecosistemas adyacentes, con sus ubicaciones determinadas por los límites fisiológicos de las especies. En esta revisión, describimos cómo el estudio de los ecotonos puede proporcionar indicadores clave para monitorear el estado de los bosques neotropicales, desde organismos hasta ecosistemas. Primero describimos cómo se han estudiado los ecotonos en el pasado y resumimos nuestra comprensión actual de los ecotonos tropicales. A continuación, proporcionamos tres líneas de investigación de ejemplo que se centran en la dinámica ecológica y evolutiva del ecotono entre bosques secos tropicales y desiertos; entre bosques secos tropicales y bosques lluviosos; y entre el Cerrado y los bosques lluviosos atlánticos, siendo este último un ecotono particularmente bien estudiado. Por último, esbozamos métodos y herramientas para estudiar ecotonos que combinan teledetección, nuevas técnicas estadísticas y datos de parcelas de dinámica forestal basadas en el campo, entre otros, para comprender estos importantes sistemas.