La repoblación de peces en cautiverio para su posterior liberación en cuerpos de agua naturales se ha aplicado históricamente en Brasil como medida para mitigar los impactos causados por las represas. Sin embargo, los peces liberados están adaptados al entorno de criadero, que es totalmente diferente al natural, lo que resulta en bajas tasas de supervivencia post-liberación y la ineficacia de la repoblación como medida de gestión. A nivel mundial, varios estudios han demostrado la existencia de grandes diferencias fenotípicas entre peces de cultivo y silvestres, pero en Brasil existe una gran necesidad de este tipo de estudio. Con base en esto, nuestro objetivo fue verificar si los peces de criadero difieren morfológicamente de sus contrapartes silvestres, en la misma clase de tamaño. Por lo tanto, se comparó una población de jóvenes de Prochilodus lineatus criados en una estación de piscicultura con otra proveniente de lagunas marginales del río Grande. Los resultados indicaron que la piscicultura resultó en individuos morfológicamente diferentes de P. lineatus y una población menos diversa, en comparación con los peces silvestres. Se deben estudiar medidas como el enriquecimiento ambiental de los tanques de cultivo como una forma de aumentar la heterogeneidad ambiental y aumentar la variabilidad morfológica de los alevines producidos.