La resistencia a fungicidas es la adaptación natural y hereditaria de los patógenos para sobrevivir al tratamiento con un producto fitosanitario que normalmente proporcionaría un control efectivo. El agente causal del Mildiu Polvoriento de la Vid (GDM) es un patógeno importante en los viñedos, en los cuales se ha observado y reportado resistencia a los fungicidas de Ácido Carboxílico Amida (CAA). Detrás de esta resistencia, hay dos sustituciones de un solo punto del gen de la celulosa sintasa: G1105S y G1105V. En este artículo, desarrollamos un protocolo de reacción en cadena de polimerasa digital por gota (ddPCR) para la cuantificación de las mutaciones que confieren la resistencia. El protocolo ddPCR determinó con precisión las frecuencias alélicas en cuatro campos donde se recolectaron muestras en bulk.