La doxiciclina es un antibiótico veterinario terapéutico comúnmente utilizado en la cría de cerdos. En este estudio, 27 cerdos de engorde de 33.5 +/- 0.72 kg fueron divididos en 3 grupos de manera equitativa. Se añadió doxiciclina a 0, 3 y 5 mg/kg de peso corporal en los grupos CK, L y H. Los períodos de medicación y de retiro se establecieron en 5 y 28 días. Los resultados mostraron que las concentraciones promedio de doxiciclina en los grupos L y H durante el período de medicación fueron de 117.63 +/- 13.54 y 202.03 +/- 24.91 mg/kg de materia seca, respectivamente. Los niveles de doxiciclina fueron inferiores al límite de detección después de 20 días. La doxiciclina no afectó la diversidad de la estructura de la comunidad microbiana intestinal. Las abundancias relativas fueron significativamente más altas en los grupos de tratamiento que en el grupo CK, y las abundancias de , , , y estaban significativamente correlacionadas positivamente con la concentración de doxiciclina. Curiosamente, la red de coocurrencia del microbiota sugirió que una alta concentración de doxiciclina debilitó las interacciones entre las bacterias hasta el día 33. La predicción funcional mostró que la doxiciclina alteró significativamente las vías metabólicas relacionadas con la membrana celular. Los resultados revelaron que el uso de doxiciclina durante la cría de cerdos puede afectar la abundancia bacteriana durante el período de retiro, y puede afectar las interacciones entre las bacterias y cambiar las vías metabólicas intestinales.