La domesticación de los perros a partir de sus ancestros compartidos con los lobos ocurrió hace más de 15,000 años y afectó muchas características de la especie. Analizamos los datos de secuenciación de ARN sanguíneo de 12 perros y 11 lobos de Europa y Asia para arrojar más luz sobre la historia de la domesticación de los perros. Implementamos un análisis de expresión génica diferencial, un análisis de red de correlación de genes ponderados, análisis de ontología génica y análisis de vías genéticas. Encontramos que tanto el origen de la muestra (Europa o Asia) como la especie tuvieron un efecto significativo en los perfiles de expresión génica sanguínea de los animales. Identificamos 1567 genes expresados diferencialmente entre lobos y perros y encontramos varios términos de ontología génica significativamente sobrerrepresentados, como la secuencia específica de unión al ADN de la región reguladora de la transcripción de la ARN polimerasa II o la traducción. Identificamos 11 redes de coexpresión génica significativas, que albergan un total de 4402 genes, relacionados con la replicación del ADN, el metabolismo del ARN o el metabolismo de proteínas, por ejemplo. Nuestros hallazgos sugieren que la regulación de la expresión génica desempeñó un papel cardinal en la domesticación del perro. Recomendamos diversificar aún más las poblaciones de perros y lobos analizadas en el futuro, incluyendo individuos de diferentes razas de perros y orígenes geográficos, con el fin de mejorar la especificidad en la detección de genes significativos y verdaderos positivos relacionados con la domesticación, así como reducir la tasa de falsos positivos.