Los peces de los arrecifes de coral son grupos importantes de los arrecifes de coral, que tienen un gran valor económico y ecológico. El Arrecife Meiji es un atolón tropical semi-cerrado representativo en el Mar de China Meridional, con ricos recursos pesqueros. Basado en los datos de pesca manual, pesca con caña y encuestas de redes de enmalle de peces en el Arrecife Meiji desde 1998 hasta 2018, este estudio resumió la lista de especies de peces del Arrecife Meiji y analizó la composición de especies, el índice de inclusión a nivel taxonómico (TINCL), el índice de diversidad de géneros y familias (índice G-F), el índice promedio de distintividad taxonómica y la variación en la distintividad taxonómica y sus cambios. Los resultados revelaron que desde 1998 hasta 2018, había 166 especies de peces de arrecife en el Arrecife Meiji, pertenecientes a 69 géneros, 33 familias y 11 órdenes, de las cuales 128 especies eran de 20 familias de Perciformes, representando el 77.10% del total de especies catalogadas. En cuanto a la dependencia de los peces de los arrecifes de coral, había 155 especies dependientes de los arrecifes o especies residentes (que representan el 93.37%) y 11 especies independientes de los arrecifes o especies errantes (que representan el 6.63%). El TINCL del orden, familias y géneros de peces en el Arrecife Meiji fue muy alto. El índice de diversidad de géneros (índice G), el índice de diversidad de familias (índice F) y el índice G-F de los peces en el Arrecife Meiji fueron muy altos, y el índice G de los peces en el Arrecife Meiji en 1998-1999 fue más alto que el de 2016-2018. Los valores de distintividad taxonómica de los peces en el Arrecife Meiji de 1998 a 2018 fueron 56.1 y 148.5, respectivamente. En comparación con 1998-1999, la distintividad taxonómica de los peces aumentó durante 2016-2018, reflejando que los parientes de los peces en el Arrecife Meiji se volvieron más distantes, y la uniformidad de las relaciones taxonómicas entre especies disminuyó. Los hallazgos de la investigación indicaron que los peces exhibieron una alta diversidad taxonómica en el Arrecife Meiji; sin embargo, también revelaron fluctuaciones significativas en la diversidad de peces del Arrecife Meiji a lo largo de un período prolongado, enfatizando la urgente necesidad de medidas de protección oportunas. Esta investigación contribuye significativamente a nuestra comprensión de la compleja dinámica que rige las especies de peces dentro del Arrecife Meiji y tiene implicaciones más amplias para la conservación de la biodiversidad en los ecosistemas marinos tropicales.