Aproximadamente el 60% de la producción de leche en Colombia proviene de sistemas de doble propósito (DP), que enfrentan limitaciones en la definición de la composición racial y el mantenimiento de registros de producción para la gestión de recursos genéticos en las regiones. El objetivo de este estudio fue evaluar la diversidad fenotípica del ganado en sistemas DP y generar indicadores que vinculen esta diversidad con la productividad, contribuyendo a la sostenibilidad en estos territorios. Un total de 2760 animales fueron clasificados fenotípicamente utilizando dos criterios asociados con la Clasificación de Raza (BC) y la Predominancia Fenotípica Aparente (APP). Se aplicaron modelos mixtos lineales que incluyen efectos fijos de región, covariables de edad de la vaca y días en leche, y el animal como efecto aleatorio, a registros diarios de leche de 2042 vacas para estimar la productividad de los criterios de asignación de raza en la gestión de recursos genéticos. La mayoría de los animales (66.92%) fueron asignados al grupo genético Mixto debido a su origen genético desconocido. Basado en BC, el segundo grupo comprende individuos clasificados como Mestizos (10.72%) que exhiben un origen genético conocido, pero su manejo genético se vio obstaculizado por la falta de información productiva. Mientras tanto, el criterio de APP fue relevante para describir cómo la predominancia de la raza cebuína o taurina influía en la producción diaria de leche (3.52 +/- 0.76 a 5.8 +/- 0.14 kg, respectivamente) de los individuos de acuerdo con las ofertas ambientales en las regiones. Al evaluar el impacto de los procesos de selección fenotípica en hembras basados en un aumento de 1 kg en la producción diaria de leche, se podría aumentar la productividad diaria promedio de la población en 0.49 kg. Sin embargo, este enfoque plantea un riesgo para el inventario de animales Mixtos, que han sido utilizados como un recurso genético adaptado a la región durante varias décadas.