Los humedales son sitios importantes para la conservación biológica debido a su rica biodiversidad y alta productividad. La relación especie-área es una herramienta clave en la planificación de la conservación y se ha utilizado ampliamente para la gestión de humedales. Este estudio tuvo como objetivos: (1) analizar la diversidad de macrófitos y macroinvertebrados en los humedales fragmentados de la cuenca del río Sinos; y (2) investigar si los humedales podrían servir como herramienta para la selección de hábitats importantes para la conservación de la biodiversidad. A lo largo del estudio, se identificaron 56 especies de macrófitos y 57 taxones de macroinvertebrados. La riqueza de macrófitos se relacionó con el área del humedal, pero la riqueza de macroinvertebrados no se relacionó con ella. La composición de especies varió entre las regiones de la cuenca y la diferencia en la composición de especies se debió principalmente a la distribución de los macroinvertebrados. En cuanto a la conservación de la biodiversidad de la cuenca del río Sinos, la superficie de humedales no debe ser un criterio prioritario para la selección de humedales importantes para la conservación. Las políticas ambientales para la conservación de la biodiversidad deben incluir acciones de gestión centradas también en la protección de pequeños humedales. Además, en futuras investigaciones se deben analizar otros criterios, como la diversidad del hábitat, el hidroperiodo, la distribución geográfica y la conectividad.