Tanto los marcadores morfológicos como moleculares se han utilizado ampliamente para evaluar la diversidad genética; sin embargo, se considera que los marcadores moleculares son más confiables y pueden llevar a una mayor eficiencia reproductiva. Este estudio utilizó marcadores de sitio de unión inter-primer (iPBS) para examinar la diversidad genética y la estructura de la población de treinta accesiones de morera de los distritos de Sahiwal y Faisalabad, Pakistán. Estas accesiones de morera pertenecían a tres especies: (n = 13), (n = 12) y (n = 5). El uso de nueve cebadores iPBS en este estudio proporcionó una comprensión integral de la diversidad genética entre las accesiones de morera seleccionadas. Nueve cebadores iPBS se utilizaron en el estudio y generaron 431 bandas con frecuencias alélicas que van desde 21 a 75 y tamaños de banda de 200 a 1500 pares de bases. El cebador 2230 mostró el valor de contenido de información polimórfica (PIC) más alto de 0.47 y el índice de información de Shannon más alto (I = 0.53). Las accesiones tuvieron los niveles más altos de heterocigosidad esperada (He = 0.30), heterocigosidad esperada no sesgada (uHe = 0.33) e índice de información de Shannon (I = 0.45). El análisis de varianza molecular (AMOVA) reveló un alto grado de variación genética, según el valor PhiPT de 0.21, que fue significativo a un nivel de < 0.001 ***. El árbol de unión de vecinos, el análisis de coordenadas principales y el análisis de estructura agruparon las 30 accesiones de morera en cuatro grupos principales. La agrupación distinta de las accesiones SWLS14, SWLS6, FSDS30 y SWLS7 validó su notable singularidad genética. En general, estos hallazgos aportan valiosos conocimientos sobre el paisaje genético de las accesiones de morera, que son esenciales para estrategias de conservación y cría.