Este estudio investigó la diversidad intra e inter-rebaño de aislamientos de subsp. (MAP) de cuatro rebaños de cabras en Turingia (Alemania) que fueron afectados por la paratuberculosis durante varios años. El enfoque principal fue la caracterización y distribución de genotipos entre los animales y el entorno del rebaño de cabras 1. Este estudio incluyó 196 aislamientos de las heces de 121 cabras infectadas, varios tejidos de 13 cabras clínicamente enfermas, 29 muestras ambientales del rebaño 1 y, además, 22 aislamientos de diferente origen de los rebaños 2 a 4. Los aislamientos, muestreados entre 2018 y 2022, fueron genotipados utilizando análisis de repeticiones cortas en secuencia (SSR), análisis de unidades repetitivas interespaciadas de micobacterias con número variable de repeticiones en tándem (MIRU-VNTR) y un ensayo basado en polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) para agrupación filogenética. Todos los aislamientos pertenecían al grupo MAP-C. En el rebaño 1, se determinó un genotipo predominante, mientras que otros dos genotipos fueron identificados muy raramente y solo en muestras fecales y ambientales. Uno de tres genotipos adicionales se encontró en cada uno de los rebaños 2 a 4. La asignación de genotipos a diferentes clados filogenéticos sugirió seis cepas de infección diferentes. Los resultados indicaron que no había vínculos epidemiológicos entre los rebaños examinados. Basado en los datos actuales de genotipado de MAP en Alemania, las posibles fuentes de infección son establos contaminados con MAP que fueron utilizados anteriormente por ganado infectado y la compra de cabras subclínicamente infectadas.