Las características geográficas, geomorfológicas y climáticas de Bulgaria son particularmente favorables para la cría de animales y, sobre todo, para la ganadería pastoral y la cría de ovejas. Estas condiciones crearon las premisas para la creación de unas 30 razas locales únicas de ovejas. En este estudio investigamos la diversidad genética de ocho de las razas nativas búlgaras más populares, basándonos en el análisis de secuencias de una parte de la región D-loop mitocondrial. Se amplificó y secuenció casi toda la región D-loop del ADN mitocondrial (mtDNA) (1180pb). Los resultados obtenidos mostraron la presencia de un gran número de haplotipos: 225, pertenecientes a dos haplogrupos principales. La mayoría de las muestras mostraron una alta prevalencia del haplogrupo europeo B (95.2%), mientras que los individuos restantes fueron asignados al haplogrupo A (4.8%). No se observaron otros haplogrupos mitocondriales reportados. El número de sitios polimórficos, la diversidad de nucleótidos y la diversidad de haplotipos fue alta (240, 0.01237 y 0.9968, respectivamente), lo que es evidencia de múltiples orígenes maternos en todas las poblaciones. El valor de la prueba D de Tajima en todas las poblaciones estudiadas fue -1.905 (< 0.05), lo que indica que la abundancia de alelos raros fue probablemente debido a la expansión de la población después de un reciente cuello de botella. La red de unión mediana mostró que casi todos los haplotipos pertenecientes al haplogrupo B formaron una red en forma de estrella, lo que reveló una débil diferenciación genética y un gran flujo génico entre las razas nativas búlgaras.