El tracto genital bovino alberga un microbioma dinámico. Las comunidades microbianas del tracto genital en animales sanos han sido caracterizadas utilizando métodos de secuenciación de nueva generación, mostrando que las composiciones microbianas difieren entre la vagina y el útero, más aún durante el período posparto. Se recolectaron muestras de heces, vaginales y de endometrio antes del parto en diferentes intervalos posparto de vacas lecheras. Los microbiomas en estas muestras se determinaron en base a la secuenciación del amplicón 16S bacteriano y se compararon entre animales sanos (H; = 10) y vacas que desarrollaron metritis (M; = 10) dentro de los 21 días posparto (DPP). En comparación con los animales sanos, los microbiomas fecales y vaginales antes del parto de los animales con metritis eran más abundantes en secuencias del filo Fusobacteria y en géneros bacterianos como . Además, en comparación con los animales sanos, las vacas con metritis presentaron baja diversidad de especies microbianas en el endometrio, así como una disminución de Proteobacteria y un aumento de Fusobacteria, Firmicutes, Actinobacteria y Bacteroidetes. Las mayores desviaciones en la composición taxonómica de las comunidades microbianas endometriales entre las vacas con metritis y las sanas se detectaron entre los 7 y 10 DPP. Se detectó una alta similitud taxonómica entre los microbiomas endometriales posparto y los microbiomas vaginales y fecales preparto, sugiriendo que la colonización a través de bacterias que ascienden desde el recto y la vagina hacia la cavidad uterina podría desempeñar un papel importante en el establecimiento del microbioma endometrial posparto. Una comprensión más profunda del establecimiento y la dinámica de las comunidades microbianas endometriales posparto en vacas proporcionará así un conocimiento básico crucial para guiar el desarrollo de estrategias de manipulación del microbioma genital para prevenir enfermedades uterinas y mejorar la fertilidad en vacas lecheras.