La microbiota intestinal juega un papel crucial en la salud y el bienestar de la vida silvestre. Sin embargo, su composición y diversidad siguen sin explorarse, particularmente en especies amenazadas como el ciervo almizclero siberiano (SMD). Este estudio tuvo como objetivo elucidar la composición de la microbiota intestinal dentro de diferentes comunidades silvestres de SMD para evaluar su estado de salud. Realizamos el primer análisis integral del microbioma fecal de SMD silvestres que habitan en tres ubicaciones distintas en la provincia de Gangwon, República de Corea. Se recolectaron muestras fecales de manera no invasiva y se realizó la secuenciación del gen 16S rRNA para la caracterización de la microbiota intestinal. De acuerdo con investigaciones previas, Firmicutes y Bacteroidetes fueron los filos dominantes en la microbiota intestinal de SMD silvestres. Planctomycetota fue un filo prevalente en la microbiota intestinal de SMD silvestres, lo que justifica una investigación adicional sobre su importancia ecológica. Si bien se observaron diferencias significativas en la riqueza de la microbiota intestinal entre los tres grupos, no se detectaron disparidades significativas en la diversidad beta. Además, ciertos géneros exhibieron abundancias relativas distintas entre los grupos, sugiriendo posibles asociaciones con factores geográficos, trastornos intestinales y hábitos dietéticos. Nuestros hallazgos proporcionan valiosos conocimientos sobre el microbioma intestinal de SMD silvestres y ofrecen una base para futuros esfuerzos de conservación basados en microbiomas para esta especie vulnerable.