Para entender la distribución de la comunidad microbiana del suelo en huertos naturales de nuez a diferentes gradientes de altitud (3000-3500 m) y revelar el mecanismo de la actividad microbiana del suelo en huertos naturales de nuez que se adaptan a entornos de gran altitud, se estudiaron muestras de suelo de cuatro grupos de huertos naturales de nuez en el condado de Gyaca, en el sureste del Tíbet. Se utilizó la tecnología de secuenciación Illumina MiSeq para analizar la composición y diversidad de la comunidad de bacterias y hongos del suelo y sus respuestas a las altitudes. Los resultados de la diversidad alfa mostraron que el patrón de distribución vertical de la comunidad fúngica era más evidente que el de la comunidad bacteriana y que la diversidad de la comunidad bacteriana primero aumentó (~3364 m) y luego disminuyó con la altitud. El número de variantes de secuencia de amplificación (ASVs) en la comunidad bacteriana del suelo fue significativamente mayor que en la comunidad fúngica, pero las comunidades bacterianas y fúngicas del suelo en huertos de nuez a diferentes altitudes exhibieron tanto herencia como singularidad. A nivel de filo, los filos bacterianos dominantes a diferentes altitudes fueron Actinobacteria, Acidobacteria, Proteobacteria y Chloroflexi (abundancias relativas > 10.0% en cada tratamiento). Con el aumento de la altitud, la abundancia relativa de Actinobacteria aumentó gradualmente, mientras que la de Acidobacteria y Proteobacteria disminuyó gradualmente. Los filos fúngicos dominantes fueron Ascomycota, Basidiomycota y Mortierellomycota (abundancias relativas > 5.0% en cada tratamiento). Con el aumento de la altitud, la abundancia relativa de Ascomycota aumentó significativamente. A nivel de género, el número de bacterias y hongos dominantes en el suelo disminuyó gradualmente con el aumento de la altitud y mostró características de distribución anisotrópica. Las abundancias relativas de Actinobacteria entre los filos bacterianos y de Olpidiomycota y Zoopagomycota entre los filos fúngicos estaban positivamente correlacionadas con la altitud (p < 0.05). La mayoría de los filos bacterianos y fúngicos dominantes estaban altamente significativamente (p < 0.01) o significativamente (p < 0.05) correlacionados negativamente con la altitud. La disponibilidad de nitrógeno y fósforo en el suelo son los principales factores limitantes de la diversidad de la comunidad microbiana. Por lo tanto, la altitud causó cambios en las propiedades fisicoquímicas del suelo que afectaron directa o indirectamente la composición y diversidad de las comunidades bacterianas y fúngicas del suelo, y nuestro estudio proporciona una base teórica para el patrón altitudinal y los cambios de sucesión en las comunidades microbianas del suelo en los huertos naturales de nuez del sureste del Tíbet.