La exploración de la biosfera profunda continúa revelando una gran diversidad de microorganismos, muchos de los cuales siguen siendo poco comprendidos. Este estudio proporciona una primera mirada a la composición de la comunidad microbiana del margen de Costa Rica en el subfondo marino de dos sitios en la placa superior de la zona de subducción, entre las placas Cocos y Caribe. A pesar de estar en estrecha proximidad geográfica, con litologías similares, ambos sitios muestran distinciones en la abundancia relativa del dominio arqueal y de los principales filos microbianos, evaluados utilizando un par de cebadores universales y respaldados por la secuenciación de seis metagenomas. , , , , , y fueron los filos dominantes en el Sitio 1378, y , , , , , y fueron dominantes en el Sitio 1379. Se examinaron las correlaciones de los taxones microbianos con la geoquímica y se observaron relaciones notables con el amoníaco, el sulfato y la profundidad. Con los sedimentos profundos, siempre existe la preocupación de que las tecnologías de perforación impacten los análisis debido a la contaminación de los sedimentos a través del fluido de perforación. Aquí, utilizamos el análisis del fluido de perforación junto con el análisis de sedimentos para evaluar el nivel de contaminación y eliminar cualquier secuencia problemática. En la mayoría de las muestras, encontramos que el nivel de contaminación por fluido de perforación es negligible.