Los composts de desechos verdes se obtienen de las cadenas de producción agrícola; sus propiedades supresoras se están desarrollando cada vez más como una opción prometedora de control biológico en el manejo de fitopatógenos del suelo. La amplia variedad de microbios albergados en los nichos ecológicos del compost puede regular funciones supresoras a través de mecanismos subyacentes aún no completamente conocidos. Este estudio investiga la diversidad alfa y beta de las comunidades microbianas del compost, como indicadores de las características biológicas. Nuestros composts verdes mostraron un patrón diferencial de supresión en los dos patosistemas ensayados. Las densidades fúngicas y bacterianas, así como las funcionalidades catabólicas y enzimáticas, no se correlacionaron con la eficacia del control del compost sobre la enfermedad del berro. Las diferencias en el potencial supresor de los composts pueden predecirse mejor por las variaciones en los niveles comunitarios de perfiles fisiológicos, lo que indica que la diversidad alfa funcional es más predictiva que la calculada en fragmentos de restricción terminales de longitud polimórfica (T-RFLPs) dirigidos al gen 16S rRNA. Sin embargo, la beta-diversidad descrita por el análisis nMDS de la disimilitud de Bray-Curtis permitió separar las muestras de compost en grupos distintos significativamente funcionales e indicó que la supresión podría ser regulada por grupos seleccionados de microorganismos como mecanismos determinantes principales. Este estudio contribuye a identificar nuevos procedimientos de caracterización adecuados aplicables a la cadena de compost verde supresor.