La adormidera es una de las especies de plantas medicinales más importantes cultivadas en varias regiones del mundo con fines farmacéuticos y alimenticios. Aunque ha sido criada y utilizada en muchos países durante siglos, los estudios taxonómicos sobre la variabilidad intraespecífica aún no son numerosos. En el transcurso de este estudio, se evaluó la diversidad genética de 58 accesiones de adormidera con marcadores SSR. De los 25 marcadores SSR probados, solo 19 mostraron una amplificación exitosa y siete resultaron ser polimórficos. Estos siete marcadores produjeron de 2 a 11 alelos en un rango de tamaño de 144 a 280 pb. El valor del PIC varió entre 0,284 y 0,767, la heterocigosidad esperada estuvo entre 0,136 y 1, y la heterocigosidad observada estuvo entre 0,344 y 0,794. En total, se encontró una baja diversidad genética, y varias accesiones fueron caracterizadas con el mismo perfil de alelos SSR. El agrupamiento en el sistema de coordenadas PCoA indica cuatro grupos, lo cual es confirmado por el análisis de STRUCTURE y refleja las relaciones conocidas de cultivares híbridos en varios casos. Las razas autóctonas claramente se desvían de la mayoría de los cultivares seleccionados con fines industriales. Los marcadores SSR aplicados no pudieron distinguir los genotipos según su origen geográfico o color de semilla. Sin embargo, en varios casos, el agrupamiento en el sistema PCoA reflejó una diversificación relacionada con el contenido de alcaloides y el color de los pétalos de las accesiones. Nuestros resultados demuestran la importancia de realizar más estudios de marcadores moleculares centrados en genotipos con diferentes contenidos de alcaloides y rasgos agronómicos útiles para establecer una cría más efectiva.