Los ciervos sambar de Formosa son de gran importancia económica en Taiwán, lo que ha resultado en un aumento sustancial de la cría de ciervos para satisfacer la alta demanda de cuernos de terciopelo. La depresión por endogamia y la reducción de la variabilidad genética pueden llevar a la deterioración de las poblaciones en cautiverio. En este estudio, se genotiparon 239 ciervos sambar de Formosa utilizando 13 microsatélites para analizar su diversidad genética y estructura genética poblacional. Nuestros resultados indican un alto poder de resolución de estos microsatélites en la discriminación individual y el análisis de parentesco. Sin embargo, las poblaciones en cautiverio exhiben un bajo nivel de diversidad genética, probablemente debido a la endogamia y los efectos de cuellos de botella. Tanto el análisis de coordenadas principales (PCoA) como los análisis de STRUCTURE revelaron dos grupos genéticos distintos y segregados dentro de las poblaciones en cautiverio e indicaron que no hay una clara estructura genética poblacional entre las poblaciones en cautiverio. La introducción de nuevo material genético de la naturaleza a través de la translocación ofrece una solución potencial para mitigar el impacto de la endogamia y mejorar la diversidad genética. La información integral obtenida de estos análisis genéticos es crucial para el desarrollo de estrategias de cría efectivas destinadas a preservar y mejorar las poblaciones de ciervos sambar de Formosa.