El besugo amarillo (Houttuyn, 1782) pertenece al orden Spariformes y a la familia Sparidae, y está ampliamente distribuido en el Indo-Pacífico noroeste, extendiéndose desde el Golfo Pérsico en el oeste hasta Filipinas en el este, Japón en el norte y Australia en el sur. Aquí, analizamos la estructura genética de cuatro poblaciones silvestres en el Mar de China Meridional para proporcionar información sobre sus recursos genéticos. Se analizaron cuatro poblaciones utilizando resecuenciación de genoma completo. El análisis de componentes principales, la construcción de árboles filogenéticos y el análisis de la estructura poblacional revelaron que los individuos de diferentes poblaciones geográficas estaban mezclados y no agrupados según la ubicación geográfica, lo que indica un extenso intercambio de genes entre poblaciones; sin embargo, esto no descarta el impacto del enriquecimiento de stocks en el Mar de China Meridional en los últimos años.