Se investigó la diversidad genética y la estructura de la población del tomate () para apoyar las estrategias de cría y conservación del germoplasma. Un total de 276 accesiones de la colección del USDA-GRIN fueron analizadas utilizando polimorfismos de nucleótido único (SNPs) generados a través de genotipado por secuenciación (GBS). Después de un filtrado estricto, se retuvieron 5162 SNPs polimórficos de alta calidad para el análisis. El análisis de la estructura de la población reveló tres grupos genéticos distintos (Q1, Q2 y Q3) entre las accesiones. Las accesiones de EE. UU., Asia y Centro y Sudamérica fueron asignadas a los tres grupos, mientras que las accesiones de Europa y Oceanía se agruparon predominantemente dentro de Q2. Los índices de diversidad genética, incluida la frecuencia del alelo mayoritario, la heterocigosidad y el contenido de información de polimorfismo (PIC), indicaron niveles moderados a altos de variación genética. Estos hallazgos proporcionan información esencial sobre la diversidad genética y la estructura de la población del tomate, ofreciendo información valiosa para programas de cría destinados a mejorar rasgos como el rendimiento, la tolerancia al estrés y la resistencia a enfermedades. Los resultados subrayan además el papel del intercambio global de germoplasma en la configuración del paisaje genético de las accesiones de tomate.