El marsopa sin aleta del Yangtsé sirve como una especie indicadora crítica que refleja la salud del ecosistema del río Yangtsé, en China. Comprender su diversidad genética y estructura poblacional es esencial para estrategias de conservación efectivas. Realizamos un análisis de genética poblacional de los marsopas sin aleta del Yangtsé en el lago Poyang utilizando dos marcadores moleculares: microsatélites y secuencias de ADN mitocondrial D-. Los índices de diversidad genética mitocondrial de la población de Poyang fueron Hd = 0.481 +/- 0.020 y Pi = 0.00078 +/- 0.00030, mientras que los índices de diversidad genética de microsatélites fueron Ho = 0.610 y He = 0.655. Se observó un nivel moderado de diferenciación genética entre la población de Poyang y la población de Anqing. Algunas de las muestras fallecidas de la población de Anqing pueden haber tenido su origen en el lago Poyang o haber mostrado un fondo migratorio y de intercambio genético entre el lago Poyang y el río Yangtsé. Esta investigación ofrece datos esenciales para el desarrollo de futuras estrategias de conservación para los marsopas sin aleta del Yangtsé en el lago Poyang.