El frijol caupí es un cultivo de leguminosas tolerante a la sequía y de múltiples usos, cultivado en varias áreas tropicales secas. Se piensa que su centro de domesticación está en África Oriental o Occidental, donde aparentemente todavía se encuentra un alto nivel de diversidad genética. Sin embargo, faltan detalles sobre la información genética en muchos países africanos, lo que limita el éxito de los programas de cría. En este trabajo, evaluamos la variación genética y el flujo génico en 59 accesiones de caupí de 10 variedades locales que abarcan seis zonas agroecológicas de Mozambique, basándonos en marcadores de microsatélites nucleares. Los resultados revelaron la existencia de una alta diversidad genética entre las variedades locales, incluso en comparación con otras regiones del mundo. Se encontraron cuatro grupos genéticos, sin un patrón geográfico específico, lo que sugiere la presencia de flujo génico entre las variedades locales. En comparación, las dos variedades comerciales tenían valores más bajos de diversidad genética, aunque aún cercanos a los encontrados en las variedades locales. La alta diversidad genética encontrada en Mozambique sostiene la importancia de los recursos genéticos locales y la protección agrícola para mejorar la diversidad genética en las variedades modernas de caupí a nivel mundial.