Las macrófitas a menudo viven en remansos fluviales que tienen una variedad de conexiones hidrológicas con un río principal. Dado que la capacidad de estas plantas para adaptarse a entornos cambiantes puede depender de la diversidad genética de las poblaciones, es importante saber si puede ser influenciada por las características del hábitat. Examinamos el polimorfismo de microsatélites de la macrófita sumergida de varios remansos y mostramos que la diversidad genética de esta planta refleja claramente las diferencias hidrológicas del hábitat. La mayor variabilidad genética se encontró en un sistema de canales donde el flujo de agua constante mantenía una conexión directa entre los hábitats y el río. En contraste, un remanso aislado en el lado protegido del río tenía la menor diversidad genética de plantas. Los meandros permanentemente conectados al sistema de ramas con agua estática o en movimiento, y las antiguas ramas del río temporalmente conectadas al lecho principal contenían poblaciones con variabilidad genética moderadamente alta o baja. Los resultados demuestran que la fragmentación del hábitat puede ser un resultado no solo de la pérdida de contacto directo con el agua, sino también de la falta de agua en movimiento. Los cambios hidrológicos adversos pueden reducir la diversidad genética de las poblaciones y, por lo tanto, la capacidad de esta macrófita para adaptarse a entornos cambiantes.