La diversidad genética intraespecífica de los peces de agua dulce que habitan en los sistemas hidrográficos del área macrogeográfica que se extiende desde el Mar Negro hasta el Mar Báltico requiere una investigación exhaustiva desde perspectivas fundamentales y prácticas. El estudio actual se centró en la participación de la región del mtDNA en la adaptabilidad y microevolución dentro de contextos filogeográficos y antropogénicos. Secuenciamos un fragmento de 627 pb que abarca la región y lo utilizamos para el análisis genético de 193 percas capturadas en Letonia, Lituania, Bielorrusia y Ucrania, representando poblaciones naturales y afectadas por la antropogénesis. Evaluamos los patrones de diversidad genética intraespecífica en la región y las tendencias filogeográficas dentro del área estudiada en comparación con las tendencias del D-loop establecidas previamente. La evaluación de la variabilidad de la secuencia codificante reveló que entre los 13 haplotipos recién detectados, solo dos fueron causados por sustituciones no sinónimas de aminoácidos de la proteína. El PCoA reveló tres grupos genéticos (I-III) basados en la región que abarcaba cuatro grupos genéticos previamente descritos establecidos en función del D-loop del mtDNA. Las dos regiones del mtDNA (D-loop y ) han microevolucionado al menos parcialmente de manera independiente. Los prolongados impactos antropogénicos pueden generar nuevas mutaciones puntuales en el locus, pero este fenómeno podría estar principalmente oculto por la selección natural y los procesos de reparación.