La flavescencia dorada (FD) es una enfermedad de cuarentena europea de la vid causada por el fitoplasma FD (FDp) transmitido por el saltahojas de origen norteamericano. La enfermedad afecta a las regiones vitícolas más importantes de Europa y a todas las regiones vitivinícolas de Serbia. A diferencia del vector del insecto, el patógeno es nativo de Europa y está asociado con varias plantas huésped silvestres, entre las cuales los alisos son la principal fuente de dos de los tres grupos genéticos de variantes del patógeno (Map-FD1 y FD2). Hasta ahora, se pensaba que la epidemia de FDp en los viñedos serbios era monotípica, es decir, causada por el genotipo único del clúster Map-FD3, M51, y correlacionada con la clemátide como la planta fuente natural. Este estudio tuvo como objetivo proporcionar datos sobre la diversidad genética, a través de la tipificación genética y de genes, y ofrecer información sobre las propiedades ecológicas de los ciclos epidemiológicos que impulsan los brotes epidémicos de FD en Serbia en la actualidad. La tipificación de 270 aislamientos de vid recogidos de 2017 a 2019 confirmó a M51 como genotipo autóctono ampliamente extendido en todas las regiones productoras de vino de Serbia y el genotipo epidémico FDp dominante en la mayoría de los distritos (75%, 202/270 aislamientos), excepto en el norte de Serbia donde se registraron múltiples brotes de M12 Map-FD3 (54 aislamientos). Se informa que el árbol del cielo es un nuevo reservorio de plantas para el FDp en los viñedos serbios, albergando el genotipo M51, junto con la clemátide. Se documentó un brote de un nuevo genotipo endémico Map-FD3, M144, en muestras de vid del este de Serbia (5 aislamientos), correlacionando con hallazgos previos del mismo genotipo en clemátides. Además, se registraron infecciones individuales de vid con cinco nuevos genotipos de Map-FD3 (M150-M154) en el centro de Serbia, lo que indica un alto potencial endémico para nuevos brotes. La tipificación colocó todos los aislamientos de Map-FD3 en el clúster VmpA-III, es decir, Vectotipo III. Finalmente, encontramos evidencia directa de que al menos dos genotipos endémicos de FDp, M89 y M148, del Map-FD2/VmpA-II han escapado de los alisos y se han propagado en el patosistema de la vid en Serbia (Vectotipo II). Nuestros hallazgos confirman la alta complejidad del ciclo ecológico de FDp y proporcionan evidencia de una epidemiología balcánica única y autóctona.