La mastitis continúa imponiendo considerables pérdidas económicas a la industria láctea; sin embargo, las características epidemiológicas y la diversidad genética de permanecen poco caracterizadas. En el presente estudio, se investigaron dos granjas lecheras chinas a gran escala que experimentaban brotes de mastitis, con un total de 666 muestras de leche y 288 muestras ambientales recolectadas. De las muestras de leche, se identificaron 85 aislados de, correspondientes a tasas de detección del 22.7% en mastitis clínica, 11.2% en mastitis subclínica y 28.0% en leche saludable. La secuenciación del genoma completo combinada con el análisis de secuencias multilocus demostró una diversidad genética notablemente limitada, con la mayoría de los aislados agrupándose dentro de unos pocos linajes estrechamente relacionados (Índice de Simpson: 0.12 para muestras clínicas y 0.037 para muestras subclínicas). Además, la detección por qPCR se observó en el 21.9% de las muestras ambientales, con las frecuencias de detección más altas observadas en hisopos nasales (62.5%), piel de pezones (56.3%), espacios interdigitales (56.3%) y equipos de ordeño (45.8%). En conjunto, estos hallazgos son consistentes con la exposición ambiental compartida dentro de las granjas y sugieren un papel para los reservorios persistentes en la exposición repetida de las vacas. Esta investigación proporciona una caracterización integral de la estructura poblacional y distribución de en los rebaños lecheros chinos y subraya la importancia de estrategias de gestión centradas en el medio ambiente para reducir la presión de infección y mejorar el control de la mastitis.