Se evaluó la variación genética dentro y entre quince líneas reproductoras cerradas del camarón blanco del Pacífico Litopenaeus vannamei, criadas en diferentes criaderos de la costa brasileña, mediante análisis RAPD. Se identificaron cincuenta y dos loci polimórficos al utilizar un conjunto de cinco cebadores decámeros en PCR. El análisis de diversidad genética dentro de las líneas evidenció una pérdida de variación genética probablemente relacionada con efectos de cuello de botella y endogamia. Además, los valores de divergencia genética entre las diferentes muestras parecen reflejar la composición inicial de los fundadores de dichas poblaciones, que en algunos casos comparten un origen común, lo que sugiere la posible importancia del cruzamiento para el establecimiento de programas de mejoramiento genético de estas poblaciones reproductoras. El monitoreo de la variación genética parece ser útil para la conservación del acervo genético de esta especie acuícola, especialmente si se considera su estatus exótico en Brasil y la imposibilidad actual de introducir nuevos ejemplares silvestres.