El venado de las pampas (Ozotoceros bezoarticus) es uno de los cérvidos neotropicales más amenazados, con poblaciones que se han reducido drásticamente a pequeñas y aisladas, principalmente debido a la destrucción de su hábitat. Se utilizaron marcadores de ADN polimórfico amplificado aleatoriamente (RAPD) para analizar la divergencia poblacional y la variación genética dentro y entre dos poblaciones correspondientes a subespecies distintas. Los marcadores RAPD mostraron una variación genética sustancial, ya que todos los animales poseían fenotipos RAPD únicos sobre 105 bandas polimórficas producidas por 15 cebadores. Se realizó un análisis de varianza molecular (AMOVA) y un análisis de conglomerados de unión vecinal para evaluar los niveles de diferenciación entre poblaciones. No se registró diferenciación y aproximadamente el 96,0 % (P < 0,00001) de la varianza total fue atribuible a la variación intrapoblacional. Este resultado difiere bastante de los datos obtenidos mediante el análisis de la región de control del ADNmt y se analiza basándose en las diferencias genéticas entre los distintos marcadores y los patrones de dispersión con sesgo hacia los machos que se observan generalmente en las especies de mamíferos. Los datos presentados aquí son potencialmente útiles para futuros estudios taxonómicos y genéticos en esta especie, para el seguimiento de la variación genética observada en estas poblaciones y para el desarrollo de directrices de gestión para su conservación.