Los hongos representan un componente esencial de los ecosistemas, funcionando como descomponedores y biotrofos, y son uno de los grupos más diversos de Eukarya. En los trópicos, muchas especies son desconocidas. En este trabajo, se utilizó secuenciación de ADN de alto rendimiento para descubrir la biodiversidad de los hongos del suelo en la reserva forestal Aguarongo, uno de los puntos calientes de biodiversidad más ricos de Ecuador. El análisis de metabarcoding de rDNA reveló la presencia de siete filos. Se registraron un total de 440 especies identificadas. Principalmente pertenecían a 263 y 127. En, se registraron 12 especies, entre las cuales es extremadamente frecuente y representa la especie dominante en toda la micobiota de Aguarongo. La presente investigación proporciona el primer informe de toda la micobiota del suelo en el bosque Aguarongo, donde existen muchas especies de hongos que tienen un fuerte potencial de aplicación en agricultura, bioremediación, química y la industria alimentaria. El bosque Aguarongo oculta un gran número de especies de hongos desconocidas que podrían ser evaluadas, y su protección es de suma importancia.