Se realizó una evaluación exhaustiva de la diversidad filogenética y la estructura de la comunidad de arqueas halófilas de tres sales de cristal de halita, procesadas a partir de dos sistemas salinos separados del sur de Túnez, utilizando métodos dependientes e independientes de cultivo que apuntan a diferentes regiones de las secuencias del gen 16S rRNA, incluyendo DGGE, bibliotecas de clones de 16S rRNA y secuenciación Illumina Miseq. Se recolectaron dos muestras, CDR (sales de cristal de halita roja) y CDW (sales de cristal de halita blanca), de Chott-Eljerid y una muestra CDZ (sales de cristal de halita blanca) de Chott Douz. Catorce aislados fueron identificados como miembros de los géneros , , , y . El enfoque independiente del cultivo reveló una alta diversidad de miembros arqueales presentes en todas las muestras, representados por el filo Euryarchaeal y la dominancia de la clase Halobacteria. También se identificaron en muestras de halita blanca basadas en análisis metagenómicos. De hecho, se identificaron un total de 61 géneros con miembros de los géneros , , , , y no clasificados. Se compartieron entre todas las muestras. Se observó un perfil de diversidad inesperado entre las muestras, donde la muestra de costra de halita roja se consideró la más diversa. La mayor diversidad se observó con el enfoque Miseq; sin embargo, algunos géneros se detectaron solo con bibliotecas de clones de 16S rRNA y enfoques de cultivo.