Indonesia, ubicada en el sudeste asiático, es el país insular tropical más grande del mundo. Es reconocida globalmente como un centro único de biodiversidad en la zona de transición asiático-australiana. Hasta la fecha, sin embargo, no se ha publicado ninguna lista nacional de plantas de Indonesia. Aquí, recopilamos información botánica sobre la flora de Indonesia y presentamos por primera vez una lista de especies nativas conocidas de plantas vasculares en el país. Nuestra lista incluyó 30,466 especies pertenecientes a 2968 géneros y 317 familias, representando el 8.7% de las 351,180 especies de plantas vasculares en todo el mundo. Entre las siete regiones, Sumatra tuvo el mayor número de especies con 10,902, seguida por Nueva Guinea Indonesia (9935), Java (9289), Kalimantan (9191), Sulawesi (7048), Maluku (5294) y las Islas Menores de la Sonda (4514). En contraste, Nueva Guinea Indonesia tuvo una proporción mucho más alta de especies endémicas locales que otras regiones (59%). Las siete regiones se dividieron en tres áreas fitogeográficas: la Plataforma de Sunda, la Plataforma de Sahul y Wallacea, basándose en similitudes en la composición florística. Nuestra lista para Indonesia proporciona información básica para la conservación de la biodiversidad y la investigación asociada.