El monitoreo efectivo y confiable de las comunidades de peces es importante para la gestión y protección de los ecosistemas marinos. La metabarcodificación de ADN ambiental (eDNA) es un método relativamente nuevo que se ha utilizado ampliamente en los últimos años, mientras que el muestreo tradicional a través de la captura de peces (es decir, redes de enmalle) es uno de los métodos de monitoreo de peces más comunes y confiables utilizados hasta la fecha. Comparamos la diversidad taxonómica y funcional de los peces detectados dentro de un continuo de manglares, praderas marinas y arrecifes de coral utilizando ambos métodos de muestreo. Se recolectaron muestras de un litro de agua de mar y redes de enmalle en agosto de 2021 de bosques de manglares, praderas marinas y hábitats de arrecifes de coral (n = 3 cada uno) en Hainan, China. Las encuestas utilizando eDNA y redes de enmalle identificaron 139 géneros pertenecientes a 66 familias y 58 géneros pertenecientes a 42 familias, respectivamente. Independientemente del método de muestreo, los peces detectados en hábitats de manglares, praderas marinas y arrecifes de coral eran heterogéneos en sus comunidades; sin embargo, las especies compartidas entre hábitats sugieren cierto grado de conectividad. No hubo diferencias significativas entre hábitats en términos de diversidad taxonómica y funcional, pero se detectó una mayor diversidad taxonómica utilizando eDNA. Ambos métodos pudieron distinguir los ensamblajes de peces entre diferentes hábitats; sin embargo, las encuestas con redes de enmalle funcionaron mejor que las encuestas de eDNA para distinguir los ensamblajes de manglares de los de praderas marinas. Por lo tanto, el uso concurrente de los métodos de encuesta de eDNA y redes de enmalle proporciona un enfoque más completo para comprender la heterogeneidad de la diversidad taxonómica y funcional de los peces a lo largo de los continuos de manglares, praderas marinas y arrecifes de coral.