Impulsado por la creciente demanda de proteínas de origen vegetal en Europa y los intentos de los programas de mejoramiento de soja para mejorar la productividad de las variedades creadas, este estudio tuvo como objetivo mejorar la eficiencia en la utilización de recursos genéticos al proporcionar información relevante para objetivos de mejoramiento bien enfocados. Un conjunto de 90 accesiones fue sometido a una evaluación integral de la diversidad genética en una colección de trabajo de soja utilizando tres tipos de marcadores: descriptores morfológicos, rasgos agronómicos y SSRs. Los patrones de agrupamiento de genotipos variaron entre los marcadores, mostrando la mejor congruencia con los datos de pedigrí y madurez para los SSRs y los rasgos agronómicos, respectivamente. No se observó un patrón claro de agrupamiento relacionado con el origen para ninguno de los tipos de marcadores. Para la diversidad evaluada mediante descriptores morfológicos, el Análisis de Homogeneidad por Medios de Mínimos Cuadrados Alternos (HOMALS) produjo la clasificación más eficiente al identificar los rasgos con mayor poder discriminativo y separar los genotipos en grupos homogéneos. Según las distancias genéticas (DG), la mayor diversidad se encontró para los descriptores morfológicos (DG = 517), seguidos por los SSRs (DG = 0.317) y los rasgos agronómicos (DG = 0.244). El análisis de varianza molecular (AMOVA) reveló una débil diferenciación entre grupos geográficos ( = 0.061), enfatizando la mayor diferenciación para los genotipos canadienses ( = 0.148 **). Se encontró una baja correlación entre las matrices moleculares y morfológicas, es decir, basadas en rasgos agronómicos (0.061 *, es decir, -0.027, respectivamente). La diversidad evaluada en general destacó la importancia de introducir nuevas fuentes de variación para promover la mejora a largo plazo en el mejoramiento de la soja.