El tracto gastrointestinal de los animales contiene un microbioma complejo cuya composición refleja en última instancia la co-evolución de los microorganismos con su hospedador animal y el entorno de su hospedador. Este estudio tuvo como objetivo obtener información sobre la adaptación de la microbiota de los bovinos egipcios locales a tres ecosistemas diferentes (Alto Egipto, Medio Egipto y Bajo Egipto) distribuidos en 11 gobernaciones (con un promedio de 12 animales por gobernación) utilizando secuenciación de amplicones. Analizamos la microbiota de 136 muestras fecales de bovinos egipcios locales a través de un enfoque de secuenciación del gen 16S rRNA para comprender mejor la diversidad microbiana fecal de esta raza que se desarrolló en diferentes ecosistemas. Un análisis de diversidad alfa mostró que la microbiota fecal de los bovinos egipcios no era significativamente diversa entre áreas, estaciones, sexos o tipos de granjas. Mientras tanto, los datos de microbiota revelaron diferencias significativas en riqueza entre grupos de edad ( = 0.0018). La comunidad microbiana difería significativamente en la distribución de su abundancia relativa en lugar de en riqueza entre diferentes ecosistemas. El análisis taxonómico de las lecturas identificó y como los filos dominantes, representando más del 93% de la comunidad bacteriana total en los bovinos egipcios. El Medio Egipto exhibió una composición de comunidad microbiana diferente en comparación con el Alto y Bajo Egipto, con una abundancia significativamente mayor de y y una menor abundancia de en esta región que en los otros dos ecosistemas. Además, el Medio Egipto tuvo una abundancia relativa significativamente mayor de la familia y los géneros que el Bajo y Alto Egipto. Estos resultados sugieren una diferencia en la adaptación de las comunidades microbianas fecales de los bovinos egipcios criados en el Medio Egipto. A nivel de género, once géneros fueron significativamente diferentes entre los tres ecosistemas, incluyendo , , , , , , , , , , y . Estas diferencias significativas en la composición de la microbiota pueden impactar la adaptación del animal a entornos variados.