Las comunidades microbianas son un componente importante de los ecosistemas de manglares. Con el fin de revelar la diversidad de hongos endofíticos en los helechos de manglar y en China, se secuenciaron las regiones del espaciador transcrito interno (ITS) de los hongos endofíticos en cuatro tejidos vegetales (hojas, pecíolos, raíces y rizomas) de tres ubicaciones (Zhanjiang, Haikou y Wenchang). Se analizaron la riqueza, la composición de especies y la similitud de la comunidad. Los principales resultados son los siguientes: los hongos dominantes pertenecían a los filos Ascomycota y Basidiomycota, representando más del 75% del total de hongos identificados; en términos de composición de especies a nivel de unidad taxonómica operativa (OTU), los hongos endofíticos eran más diversos que los de , y los hongos endofíticos en rizomas eran más diversos que en otros tejidos. En Zhanjiang, tanto como mostraron la mayor diversidad de hongos endofíticos, tanto a nivel de clasificación OTU como en términos de composición de especies. Por el contrario, la riqueza de hongos endofíticos en las muestras de de Wenchang y Haikou es extremadamente baja. Las diferencias regionales en los hongos dominantes aumentan con la degradación de los niveles taxonómicos, y también hubo diferencias significativas en el número de hongos únicos entre diferentes orígenes, siendo las muestras de Zhanjiang las que tenían un mayor número de hongos únicos que las otras ubicaciones. Hubo diferencias significativas en los hongos dominantes entre diferentes tejidos, siendo Xylariales los hongos dominantes en los rizomas de y Hypocreales los hongos dominantes en los pecíolos, raíces y rizomas de . En general, la similitud de la comunidad de hongos endofíticos entre ubicaciones es moderadamente disímil (26-50%), mientras que la similitud entre tejidos es moderadamente similar (51-75%). La baja diversidad de hongos endofíticos podría ser una de las principales razones para la amenaza de . La protección de la diversidad de hongos endofíticos en las partes subterráneas de es esencial para la conservación de este helecho de manglar en peligro crítico.