Microcystis Kützing ex Lemmermann se encuentra entre los géneros de cianobacterias frecuentemente asociados a floraciones tóxicas con liberación de microcistinas. Un grupo de genes codifica las microcistinas sintetasas, las cuales participan en la biosíntesis de esta toxina. El objetivo del presente estudio fue investigar la diversidad genética del gen mcyB, específicamente el módulo B1, en cepas brasileñas de Microcystis spp. y sus variantes de microcistina. Se reveló una amplia diversidad genética en esta región. A partir del análisis filogenético, se obtuvieron tres grupos que no estaban relacionados con el origen geográfico ni la morfoespecie de las cepas, ni con la variante de la microcistina producida. Se encontró un grupo de cepas que no produjeron microcistinas, a pesar de la presencia del fragmento mcyB1. Se detectaron ocho isoformas de microcistina: MC‑LR, [D-Asp3 ]-MC-LR, [Asp3 ]-MC-LR, MC-RR, [Dha7 ]-MC-LR, MC-LF, MC-LW y [D-Asp3 , EtAdda5 ]‑MC‑LH, esta última descrita por primera vez en Brasil. Además, no se identificaron otras cinco variantes, las cuales indican ser nuevas.