Las llanuras de inundación ribereñas son reconocidas como centros de biodiversidad, pero debido a intensas presiones antropogénicas, muchas llanuras de inundación activas han desaparecido durante el último siglo. Esta investigación se centra en los cambios a largo plazo en la diversidad de fitoplancton en el lago de la llanura de inundación situado en el Kopaki Rit (Croacia), una de las llanuras de inundación conservadas más grandes del Danubio Medio. El conjunto de datos reciente de 2003 a 2016 y los datos históricos de las décadas de 1970 y 1980 indican una alta diversidad de fitoplancton, resumiendo 680 taxones durante casi medio siglo. La variabilidad de la riqueza de especies está impulsada por variables específicas en el lago, particularmente la temperatura del agua, la profundidad del agua, el nitrógeno total, el pH y la transparencia, determinados por un análisis de redundancia de los datos actuales. Los altos niveles de diversidad de fitoplancton se mantienen independientemente de las intensas presiones sobre el entorno del lago, incluida la exposición a una fuerte contaminación antropogénica en el pasado y eventos hidrológicos extremos, tanto sequías como inundaciones, que han afectado cada vez más a esta parte del Danubio en las últimas décadas. La conexión hidrológica conservada entre varios biotopos a lo largo del gradiente río-llanura de inundación parece ser crucial para mantener una alta diversidad de fitoplancton. En consecuencia, conservar las inundaciones naturales es obligatorio para mantener una alta biodiversidad en sistemas complejos y dinámicos de río-llanura de inundación.