El café tiene un inmenso valor como un producto apreciado a nivel mundial. Sin embargo, su producción enfrenta los efectos del cambio climático y la propagación de enfermedades severas como la roya del café (CLR). La exploración de endófitos fúngicos asociados con sp. ya ha encontrado la existencia de casi 600 especies fúngicas, pero su papel en las plantas sigue siendo prácticamente desconocido. Hemos investigado la diversidad de endófitos fúngicos en hojas en dos variedades: una susceptible y una resistente a CLR. Luego, realizamos ensayos de infección cruzada con cuatro especies de endófitos comunes (tres sp. y sp. 1) y (CLR) en discos de hoja, para investigar la interacción de los endófitos en el éxito de colonización de CLR y la gravedad de la infección. Dos sp., cuando fueron inoculados 72 h antes, impidieron la colonización del disco de hoja por el último. Además, la presencia de endófitos antes de la llegada de mejoró la gravedad de CLR. Nuestro trabajo destaca tanto la importancia de caracterizar la biodiversidad oculta de los endófitos como de investigar sus posibles roles en la interacción planta-endófito.