La región ligada al sexo (SLR) juega un papel importante en la determinación del sexo de una planta. La SLR del cromosoma Y, compuesta por una inversión de 14.1 Mb y una región de duplicación Y de 10 Mb (YDR), fue descifrada anteriormente. Sin embargo, nuestra comprensión de la SLR en sus parientes silvestres sigue siendo limitada. En este estudio, utilizamos datos de resecuenciación de 63 accesiones de las tres especies para inferir la evolución de la SLR entre las especies. En la SLR, todas las accesiones de espinaca cultivada se agruparon en dos categorías distintas con ambos sexos, mientras que las accesiones de ambos sexos fueron agrupadas. Esto sugiere que compartieron una SLR similar con , pero no con , lo que fue confirmado además con base en la estructura poblacional y el análisis de componentes principales. Además, identificamos 3910 SNPs completamente ligados al sexo en y el 92.82% de ellos estaban disponibles en , mientras que ninguno de los SNPs fue adoptado en . La cobertura del genoma en machos y hembras apoyó la hipótesis de que la YDR se expandió cada vez más durante su evolución. Por otro lado, identificamos 13 polimorfismos de inserción de elementos transponibles ligados al sexo dentro de la inversión en ambos y , demostrando que las inserciones de elementos transponibles podrían haber ocurrido antes del evento de supresión de recombinación de la inversión. La SLR se conservó en comparación con la región pseudoautosomal dado que el proceso de "genetic hitchhiking" ocurrió en la SLR durante su evolución. Nuestros hallazgos avanzarán significativamente nuestra comprensión de las características y evolución de la SLR en las especies.