El escaldado de las hojas causado por () es una enfermedad bacteriana importante en la caña de azúcar que representa una amenaza para la industria azucarera global. Se sabe poco sobre la estructura poblacional y la evolución genética de este patógeno. En este estudio, se recolectaron 39 cepas de 6 provincias en China. De estas cepas, 15 y 24 fueron aisladas de spp. híbridos y plantas, respectivamente. Basado en el análisis de secuencia de multilocus (MLSA), con cinco genes de mantenimiento, estas cepas se agruparon en dos grupos filogenéticos distintos (I y II). El grupo I incluyó 26 cepas de 2 plantas hospedadoras, spp. híbridos y recolectadas de 6 provincias, mientras que el grupo II consistió en 13 cepas de plantas en la provincia de Zhejiang. Entre las 39 cepas, las identidades de secuencia de nucleótidos de 5 genes de mantenimiento fueron: (99.6-100%), B (99.3-100%), D (98.4-100%), D (97.0-100%) y A (97.6-100%). Estas cepas se agruparon en seis grupos (A-F), basándose en la huella dactilar de rep-PCR, utilizando cebadores para ERIC2, BOX A1R y (GTG)5. Los análisis de UPGMA y PCoA revelaron que el grupo A tenía la mayor cantidad de cepas (24), seguido por el grupo C con 11 cepas, mientras que había 1 cepa en cada uno de los grupos B y D-F. Las pruebas neutrales mostraron que la población en tenía una tendencia hacia la expansión poblacional. El análisis de presión de selección mostró selección purificadora en cinco genes de mantenimiento concatenados de todas las cepas probadas. Se encontró una diferenciación genética significativa y un flujo génico poco frecuente entre dos poblaciones hospedadas en spp. híbridos y . En conjunto, estos resultados proporcionan evidencia de una divergencia genética obvia y estructuras poblacionales entre cepas de China.