Los cerdos indígenas tailandeses (TIPs) son recursos genéticos importantes. Los cruces con razas de cerdos exóticos y jabalíes pueden causar pérdidas genéticas. Hasta la fecha, las características físicas de los TIPs han sido inconsistentes. Se necesita la clasificación de los TIPs mediante información genética para llevar a cabo un programa de conservación adecuado. En este estudio, se investigaron la diversidad genética, el análisis de clústeres y la relación filogenética de los TIPs utilizando veintinueve marcadores microsatélites de cerdos. Se recogieron muestras de sangre de TIPs de tres regiones de Tailandia: norte (NT, = 118), noreste (NE, = 61) y sur (ST, = 75). El número total medio de alelos distintos y el número efectivo de alelos por locus fueron 11.851 y 5.497, respectivamente. La heterocigosidad observada media (Ho) y la heterocigosidad esperada media (He) fueron 0.562 y 0.837, respectivamente. Los valores F de los loci microsatélites fueron positivos bajo el equilibrio de Hardy-Weinberg en < 0.001, con valores medios generales de Fis, Fit y Fst de 0.247, 0.281 y 0.046, respectivamente. Se encontraron un total de 5, 5 y 17 alelos privados con frecuencias superiores a 0.050 en los cerdos NT, NE y ST, respectivamente. Se propusieron tres clústeres óptimos (= 3) dentro de las poblaciones de TIP. Los cerdos de las regiones NT y NE se mezclaron en dos clústeres, mientras que los miembros de la región ST estaban claramente separados. El árbol filogenético confirmó que los cerdos de NT y NE se dividieron cada uno en dos subgrupos, mientras que los cerdos de ST se agruparon en un solo grupo. Un análisis microsatélite reveló la alta diversidad genética de las poblaciones de TIP y confirmó la divergencia genética de los TIPs con respecto a las razas europeas y chinas. Se detectó un mestizaje genético de los TIP con los jabalíes salvajes locales.