La flor de loto amarilla es la especie hermana del loto sagrado. La evolución de los patrones de expresión génica en múltiples tejidos durante la divergencia de especies de estos dos lotos sigue sin explorarse. La familia de homeobox relacionada con WUSCHEL, una familia de factores de transcripción específicos de plantas, juega un papel crucial en el desarrollo de tejidos y en las respuestas al estrés. En este estudio, utilizando un genoma de referencia a nivel de cromosoma y una base de datos de transcriptoma que abarca múltiples tejidos, identificamos y categorizamos 11 genes en tres subfamilias. Identificamos siete pares de genes sintrénicos entre los lotos que se originaron a partir de duplicaciones de genoma completo. A través del análisis de motivos conservados, encontramos motivos específicos de subfamilia en las secuencias de proteínas de los lotos. Las variaciones en las conformaciones tridimensionales de los genes homólogos indican divergencias funcionales entre las dos especies de loto. La matriz de expresión génica en los tejidos revela divergencias de expresión dentro y entre las dos especies de loto. Al emplear un análisis de red de coexpresión génica ponderada, desarrollamos ocho redes de coexpresión que diferían de las redes de coexpresión de sus genes sintrénicos. En general, nuestros hallazgos sugieren que las variaciones genómicas en los ortólogos contribuyen a los distintos patrones de expresión y redes regulatorias observadas durante la evolución de estos dos lotos.