El archipiélago japonés, como una isla continental del continente de Eurasia y que alberga altos niveles de diversidad de especies vegetales, proporciona un entorno geográfico ideal para investigar la especiación alopátrica vicaria debido a las fluctuaciones del nivel del mar asociadas con las oscilaciones climáticas durante el Cuaternario. En este estudio, se secuenciaron tres regiones de ADN cloroplástico y 14 loci nucleares para 31 individuos de tres poblaciones de var. y 52 individuos de tres poblaciones de var. Los análisis genéticos de poblaciones (Network, STRUCTURE y filogenia) revelaron que los límites genéticos de las dos variedades son distintos, con una alta diferenciación genética de 0.9619 en ADN cloroplástico y 0.6543 en loci nucleares. Los tiempos de divergencia relativamente antiguos entre las dos variedades se estimaron en 3.03 Ma por DIYABC y 1.77 Ma por IMa2, cuando se dataron en el Plioceno tardío y el Pleistoceno temprano, respectivamente. Se detectó un flujo génico extremadamente débil ( = 0.1) entre las dos variedades por IMa2, lo que podría ser causado por su expansión poblacional desde el Pleistoceno temprano (~2.0 Ma) inferido en los gráficos de skyline bayesianos y DIYABC. La modelización de nicho mostró que las dos variedades tenían una diferenciación ecológica significativa desde el Último Interglacial, incluso antes. Estos resultados demuestran que la especiación alopátrica vicaria debido a las fluctuaciones del nivel del mar puede ser un modo común de especiación en el archipiélago japonés. Este hallazgo proporciona información sobre la comprensión de la diversificación de especies en el archipiélago japonés e incluso en la flora de Asia Oriental bajo oscilaciones climáticas durante el Cuaternario.