Las aguas naturales pueden actuar como sumideros o emisores de dióxido de carbono (CO₂), dependiendo de las características fisicoquímicas del sistema (difusión y reacción de este gas en el agua), así como del pH y de la producción primaria de los microorganismos como resultado del consumo de dichos compuestos. La evidencia sugiere que las concentraciones de CO₂ en estanques están gobernadas principalmente por el metabolismo acuático, es decir, por el equilibrio entre la respiración y la fotosíntesis.