Las raíces desempeñan roles esenciales en la adquisición de agua y minerales del suelo en plantas superiores. Sin embargo, la limitación de agua o nutrientes puede alterar la morfología de las raíces de las plantas. Para aclarar las características de distribución espacial de los nutrientes esenciales en las raíces de los cítricos y el mecanismo de influencia de la deficiencia de micronutrientes en la morfología y arquitectura de las raíces de los cítricos, especialmente los efectos en el crecimiento y desarrollo de las raíces laterales (RL), se emplearon aquí dos portainjertos de cítricos comúnmente utilizados, la naranja trifoliada (L. Raf., Ptr) y la mandarina roja (Blanco, Cre). El análisis de las características de distribución de nutrientes minerales en diferentes partes de la raíz mostró que, excepto por las concentraciones de P en Ptr, los dos últimos niveles de RL (segunda y tercera RL) tenían las concentraciones más altas de macronutrientes. Todas las concentraciones de micronutrientes en la segunda y tercera RL de Ptr fueron más altas que las de Cre, excepto por la concentración de Zn en la segunda RL, lo que indica que Ptr requiere más micronutrientes para mantener un crecimiento y desarrollo normal del sistema radicular. El análisis de componentes principales (ACP) mostró que B y P estaban muy cerca en términos de distribución espacial y que Mo, Mn, Cu y Fe contribuyeron significativamente a PC1, mientras que B, Cu, Mo y Zn contribuyeron significativamente a PC2 en ambos portainjertos. Estos resultados sugieren que los micronutrientes son factores principales en el crecimiento y desarrollo de las raíces de los cítricos. El análisis de la morfología de las raíces bajo deficiencia de micronutrientes mostró que el crecimiento de las raíces fue más significativamente inhibido en Ptr y Cre bajo deficiencia de Fe (FeD) que bajo otras deficiencias de micronutrientes, mientras que las raíces de Cre mostraron un mejor rendimiento que las raíces de Ptr. Desde la perspectiva de la deficiencia de micronutrientes, la FeD y la deficiencia de B (BD) inhibieron todos los rasgos morfológicos de las raíces en Ptr y Cre, excepto el diámetro medio de la raíz, mientras que la deficiencia de Mn (MnD) y la deficiencia de Zn (ZnD) tuvieron impactos menores, así como la morfología del tallo. Las concentraciones de nutrientes minerales en plántulas de Ptr y Cre bajo deficiencia de micronutrientes revelaron que las deficiencias de un solo micronutriente afectaron tanto sus propias concentraciones como las concentraciones de otros nutrientes minerales, ya sea en las raíces o en los tallos y hojas. El análisis dinámico del desarrollo de RL reveló que no hubo disminuciones significativas en el número de la primera o segunda RL en plántulas de Ptr bajo estrés por BD y ZnD. Además, las tasas de crecimiento de la primera y segunda RL en Ptr y Cre no disminuyeron significativamente en comparación con el control bajo estrés por BD a corto plazo (10 días). En conjunto, estos resultados indican que los micronutrientes desempeñan roles esenciales en el crecimiento y desarrollo de las raíces de los cítricos. Además, los cítricos alteran su morfología radicular y rasgos biológicos como una estrategia de adquisición de nutrientes para mantener una adquisición y crecimiento máximos de micronutrientes. El presente trabajo sobre las características de distribución espacial y la deficiencia de micronutrientes de las raíces de los cítricos proporciona una base teórica para una fertilización efectiva con micronutrientes y el diagnóstico de deficiencia de micronutrientes en cítricos.