Aiton es un pariente silvestre de cultivos (CWR) que pertenece al Grupo Genético 1b y es considerada una especie en Peligro Crítico, presente en entornos muy específicos, como el islote Desembarcadouro (DI) en Ponta de São Lourenço o el islote Chão (CI) en las Islas Desertas. El Centro ISOPlexis (Universidad de Madeira) ha brindado continuo apoyo para su conservación in situ manteniendo un plan de manejo de poblaciones silvestres y una estrategia de conservación ex situ a través del almacenamiento de accesiones en el Banco de Genes ISOPlexis. El presente trabajo tiene como objetivo presentar la distribución espacial de la variabilidad genética y diversidad en estas poblaciones utilizando ocho marcadores polimórficos de Repeticiones Simples de Secuencia (SSR). Los resultados generales llevan a la identificación de tres puntos con una alta diversidad genética. CI, con un pequeño grupo de individuos, muestra una huella genética diferente de DI, con alelos únicos presentes en su población. DI tiene dos áreas distintas: el área occidental, con una mayor densidad de individuos pero con una menor diversidad genética y mayor fijación de alelos; y el área central, con un menor recuento de individuos pero con una mayor diversidad genética y la presencia de alelos únicos. A pesar de algunas diferencias genéticas, la comparación de las poblaciones de los dos islotes DI y CI muestra que tienen más similitudes que diferencias. El análisis de la Varianza Molecular, basado en el clúster jerárquico, mostró una diversidad del 9% entre poblaciones, el 68% entre individuos y el 23% dentro de individuos. Estos datos se utilizarán para el establecimiento de un protocolo para monitorear y gestionar la diversidad genética bajo una reserva genética, contribuyendo posteriormente a la implementación de la red europea de Reservas Genéticas y la protección de este importante CWR.