Las variaciones en las características físicas a lo largo del curso de un río influyen en la disponibilidad de hábitat, lo cual se refleja en la distribución de las especies. El conocimiento de la ecología y la diversidad de las especies lóticas es importante para evaluar cómo responderán los ecosistemas fluviales a los impactos ambientales. Los decápodos de agua dulce constituyen un grupo de gran importancia ecológica y económica, pero el conocimiento sobre los factores que influyen en su distribución es escaso en Brasil. Realizamos un censo de decápodos para describir su abundancia y distribución, así como para estudiar su relación con las variables físicas del río y, en especial, su asociación con diferentes tipos de sustratos. Estudiamos 23 sitios ubicados en 15 afluentes del río Guapiaçú, RJ, donde recolectamos decápodos en diferentes tipos de sustratos y medimos un conjunto de variables físicas. Encontramos cinco especies de decápodos, incluyendo camarones y cangrejos anfídromos y no anfídromos. Los decápodos se asociaron fuertemente con los sustratos de hojarasca y su abundancia se relacionó con un eje multivariado que describe los cambios longitudinales en las características del río. Concluimos que los decápodos presentes en la cuenca del Guapiaçú habitan principalmente en pequeños arroyos con bosques riparios preservados, donde encuentran refugio y son presas potenciales de invertebrados. El proyecto en curso para construir una presa en el río Guapiaçú tendrá consecuencias negativas para los camarones migratorios, por lo que recomendamos encarecidamente que se tomen medidas de mitigación, como la construcción de estructuras que permitan el paso de la fauna migratoria.