La construcción de un embalse en un río tiene consecuencias peligrosas en la estructura del entorno aguas abajo, modificando la composición de los sedimentos y generando importantes ajustes en la distribución longitudinal de la comunidad bentónica. La construcción de la presa Engenheiro Sérgio Motta en el Alto Paraná ha generado impactos en las comunidades acuáticas, aún desconocidos por completo. Este trabajo tuvo como objetivo proporcionar más información sobre los efectos de este embalse en la estructura del ensamble larvario de quironómidos. El análisis de datos de variables físicas y químicas en relación con los datos biológicos de ocho secciones longitudinales del Alto Paraná mostró que la composición de las larvas de quironómidos en las estaciones cercanas a la presa Engenheiro Sérgio Motta difería de la de las otras estaciones (más alejadas de la presa). El predominio de sedimentos gruesos en las estaciones aguas arriba y de sedimentos más finos aguas abajo afectó la elección de hábitat por parte de diferentes morfotipos de quironómidos y provocó un cambio en la estructura de este ensamble en el tramo longitudinal.