Objetivo: Las comunidades microbianas desempeñan un papel central en procesos ambientales como la mineralización de la materia orgánica y el ciclo de nutrientes en los ecosistemas acuáticos. A pesar de su importancia ecológica, la variabilidad en la estructura de las comunidades de arqueas y bacterias en agua dulce sigue poco estudiada.

Métodos: En el presente estudio se investigó la riqueza y densidad de arqueas y bacterias en la columna de agua y en los sedimentos del embalse Itupararanga. También se evaluó la relación de estas comunidades con las características bióticas y abióticas. Las muestras se tomaron en cinco profundidades de la columna de agua cerca de la presa y en tres profundidades cerca de la entrada del embalse.

Resultados: La evaluación mediante PCR-DGGE de las comunidades de arqueas y bacterias mostró que ambas estuvieron presentes en la columna de agua, incluso en condiciones oxigenadas.

Conclusiones: La densidad de bacterias (qPCR) fue mayor que la de arqueas, resultado de la mayor plasticidad metabólica de las bacterias en comparación con las arqueas.